与“神五”发射不同的是，“神六”不仅是2名宇航员在太空飞行5天多的时间，而且为迎接他们的安全归来，基地不仅选择了内蒙古四王子旗的主着陆场，还启用了距发射现场100多公里外的副着陆场。

    副着陆场系统的启用，是这次“神六”发射的一项重要内容。在太空飞行5天多的时间，地球天气将有许多不可预料的变化，为确保宇航员的生命安全，基地启用了距发射场100多公里外的副着陆场。9月初，基地就在副着陆场进行了救生搜救演练。10月5日，航天中心的相关领导又驾机考察了副着陆场的情况，再一次体现了航天飞行“以人为本”的思想。副着陆系统的启动大大降低了各种不可预测和不可抗拒的危险发生率，提高了飞船着陆的安全系数，最大限度确保了航天员的生命安全。

    9月初，基地地面人员在副着陆场主要进行搜索救生演练。演练中以飞船着陆后为起点，由指挥通讯、测量搜索、医疗救护、安全保卫等专业人员组成的搜索救生大队马上开始行动。首先进行的是地面搜索任务。搜救车队根据飞船计划轨道的着陆点按队形行进，在行进中不断地探测和接受飞船着陆后专门装置发出的信号。在地面车队行进的同时，空中搜救的直升机对指定区域进行低空飞行和地毯式的搜索。发现目标后，整个搜救行动进入第二阶段：现场处置。在指挥员沉着干练的指挥下，各小组人员有条不紊地同时开展工作，当一切准备就绪，指挥员下达开舱门的命令，这时飞船载人舱门被打开，航天员出舱。至此，完成了搜救行动的第三个程序：航天员现场救护。航天员被转移上救护车后，搜救行动的最后两个程序同时开始，一个是对返回舱的转运，另一个是将航天员送往医院检查。