在调查的农民工中，被克扣和拖欠过报酬的农民工分别占20%。其中，50%以上的农民工被克扣或被拖欠的报酬属于工资收入。农民工被拖欠报酬时间最短的有一个月，最长的达到八年，平均被拖欠了四个月。被拖欠过半年以下的农民工有5195名，占被拖欠农民工数的9.49%。

另外，农民工权益受保障的程度明显偏低。农民工所在单位提供工作待遇较低。90%以上的农民工没有享受住房补贴和住房公积金，近80%的农民工不能带薪休假，还有80%的女职工无法享受带薪休产假制度。另有50%左右的农民工得不到工伤补偿或者加班补贴，近40%农民工未与单位签订任何劳动合同或协议。

此外，农民工生活质量普遍不高。首先是农民工生活、卫生条件差。受工资水平低限制，大部分农民工的月消费几乎全部用于住宿和食品消费，而在生病时，只有少数人会选择去正规医院，其他人大都选择自己买药治疗或去个体诊所。其次是居住环境质量差。近40%的农民工居住在工棚或集体宿舍里，地方狭窄拥挤，室内肮脏零乱，除了被褥衣物，几无他物。

子女受教育难、就业服务和职业技能培训不到位、农民工从事的职业技术含量低且工资水平低也是农民工面临的问题。