华中农业大学作为国家教育部直属大学，有作物遗传育种、作物栽培学与耕作学、微生物学、果树学、分子化学与分子生物学、动物遗传育种、水产养殖、农业经济管理等8个国家级重点学科，有园林植物与观赏园艺、生物化学与分子生物学、动物遗传育种与繁殖、农产品加工及贮藏工程等4个部级重点学科，生物学、食品科学、园艺学、农业资源利用、植物保护、动物营养与饲料科学、兽医学、园林植物与观赏园艺、水产、农林经济管理、土地资源管理等11个省级重点学科（涵盖二级学科32个），农业工程、林学、经济法学、境科学、发酵工程、企业管理、产业经济学、应用化学、马克思主主义中国化研究等10个校级重点学科。