我国的住房公积金制度于1991年在上海率先建立，随后在全国全面铺开，通过不断调整和完善，这项制度经历了支持城镇住房建设、支持缴存职工购买房改房、支持购房消费等多个阶段。截至2007年10月，全国住房公积金缴存总额15400亿元，缴存余额9160亿元，累计为800多万个家庭发放个人住房贷款8150亿元。十多年的发展实践证明，住房公积金在推动我国住房分配制度改革、加快城镇住房建设、改善城镇居民住房条件、培育和发展政策性住房金融体系等方面发挥了积极作用。
随着我国住房市场化的快速发展，住房公积金制度正在积极向住房保障功能拓展。要适应新变化、满足新需求，就要解决好这项制度在发展过程中存在的几个突出问题：
一是覆盖面有限。虽然我国住房公积金的归集量持续增长，但仍有很多企业少缴、欠缴甚至不缴职工住房公积金，致使近40％的城镇职工特别是中低收入职工难以享受到这项合法权益。《住房公积金管理条例》赋予了公积金管理中心行政执法权，但其作为非营利性事业单位执法力度有限，效果不明显。二是使用渠道有限，对中低收入职工的支持力度不够。《住房公积金管理条例》对公积金账户余额的提取进行了严格限制，而公积金贷款的发放更注重借款人的支付能力，往往对中高收入职工的支持力度更大。而大多数中低收入职工面对连年攀升的房价，既得不到足够的低息贷款去购房，又因无力购房而不能支取公积金账户中的款项，只能长期缴存直到退休。由于公积金存款利率远低于银行同期存款利率，这些职工不仅享受不到这项制度的实惠，还要损失存款利息、承担货币贬值的风险。这种多数中低收入缴存人为少数中高收入缴存人提供低息贷款的格局，违背了公积金制度的住房保障性质，损害了中低收入职工从中受益的权利。三是风险防范能力不强，归集资金的保值增值压力较大。目前我国并未在全国范围内建立有效的住房公积金风险控制体系，公积金的保值增值渠道也十分有限。除少数经济发达的大中城市外，大部分城市的公积金贷款发放率较低，流动性不强；国债投资规模较小，品种受限，收益不高；近年来人民银行多次调整存款利率致使沉淀资金从银行得到的存款利率明显低于管理中心支付给职工的公积金账户存款利率，也为归集资金的保值和增值造成了一定的压力。四是公积金增值收益的权属未得到依法确认。《住房公积金管理条例》第三条规定：“职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有”；《物权法》第三十九条规定：“所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。”据上述法律法规推定，基于住房公积金而产生的增值收益，理应属于全体缴存职工共同所有，共同支配。而目前这部分收益往往全部作为政府的非税收入上缴财政。